既然已经成功铲除了张居正的势力，自己也成了真正意义上亲政的皇帝。改革的重任便都落在了自己的身上，接下来，当务之急便是要搞清改革的重点。朱翊钧仔细回想着自己在21世纪时候所学过的张居正改革的知识点。
历史上的张居正改革从万历元年一直持续到了万历十年，一直都是张居正主持变法改革。而现在，因为自己的到来，剩下的两年要由自己来给这场改革画上完美的句号。朱翊钧觉得这也不得不说是一件棘手的事情。
朱翊钧在心里默默的背诵自己在脑海中好不容易搜刮出来的关于张居正改革的知识点，“张居正改革的主要内容有以下三点。
一、政治上整顿吏治
张居正作为当时的内阁首辅，可谓是为大明朝操碎了心，他针对当时的官场情况，大力打击庸官，制定考成法，用于考核官员的业绩水平，淘汰了一大批不称职水平差的官员，同时加强中央集权，强化内阁的权力，使地方到中央都能有效的贯彻他颁布的命令，使大明朝的吏治得到了一定的改善，官员为官素质有了很大的提升可以说官员的称职水平得到了一定程度上的提升。
二、经济上打击地主经济
张居正之前的大明朝土地兼并很严重，张居正针对大地主大量兼并土地的情况，他在全国范围内全面丈量土地，并且实行大名鼎鼎的‘一条鞭法’，这是我国赋税制度上的又一大创新，张居正的‘一条鞭’法可以说促进了大明朝的税收水平，同时也一定程度上助推明朝的商品经济发展，同时打击了地主豪绅抢占土地的势头，甚至在某种程度上催生了资本主义商品经济的萌芽。同时也使大明朝的税收大大增加，有利的充实了国库，使国家经济实力大大增强。
三、军事上防御为主
张居正时期他重用戚继光，安排他守长城，同时修建防御工事，有利于抵挡鞑靼人入侵，同时还在东南沿海打造战船，防止倭寇的骚扰，在张居正改革的这十年间，大明王朝基本上是国泰民安，而且基本上肃清了多年以来一直困扰明王朝的“南倭北虏”的边患，这是值得我们去给他点赞的。他从政治经济军事这几个方面出发，挽救了大明朝，给大明朝续命。”
怎么说他现在也是一个皇帝了，总不能再像以前在21世纪时候背出声来吧。
但是现在还有一个至关重要的问题摆在自己的面前。张居正卸下内阁首辅一职之后，这个位置便空缺了出来。
即便现在是自己推行变法，也总得有一个可靠的帮手来帮助自己吧。
朱翊钧决定借助魏忠贤对如今朝廷形势的了解来进一步掌握朝中朝城的情况。
于是他把魏忠贤叫了来，张口就问道，“忠贤啊，你也知道朕自从十几日前大病了一场之后，现在什么都不记得了，依你看这个首辅的位置，该谁接任比较好？”
魏忠贤却是很小心翼翼地回道，“为陛下此乃朝政大事，奴才一个小小的奴才，怎敢置喙？还请陛下不要为难奴才了。”
这猴崽子倒是精的很，朱翊钧心想。历史上你后来把持朝政，干涉朝政的事情还少吗？现在在这儿给我装蒜。况且现在自己实在没有可以信任之人，也只能询问魏忠贤了。于是朱翊钧继续说道，“你尽管说，朕恕你无罪。”
魏忠贤这才敢放心大胆地说，“陛下，依奴才之见，申时行可以接任内阁首辅一职。”
申时行……申时行。这个名字怎么这么耳熟？朱翊钧绞尽脑汁地想了半天终于想出了些东西。
万历五年（1577），申时行出任吏部右侍郎。吏部掌管官吏铨选，职权颇重，列六部的首位。
当时，处在一人之下、万人之上高位的内阁首辅张居正正在大力推行改革。张居正是申时行的“座主”（即殿试时的考官），他对申时行极为器重。申时行出任吏部右侍郎，也是他的意思。申时行到吏部后，事事秉承张居正的心意，张居正大为高兴，以为得人。
就在这年，张居正的老父病逝。按照封建礼节，张居正须辞官回籍服丧三年。而张居正正在推行改革，神宗皇帝依重于他。户部侍郎李幼孜上疏建议“夺情”。“夺情”是出征将帅有父母之丧，因军务不能回家服丧，皇帝诏令移孝于忠，在军中戴孝。此议一出，张居正的政敌纷纷上疏反对。翌年三月，张居正迫于强大的舆论压力，回江陵（今属湖北）老家服丧。
张居正临行，荐举两人入阁，参预机务，一是礼部尚书马自强，一是吏部右侍郎申时行。神宗诏准，命马自强以礼部尚书兼文渊阁学士，申时行以吏部右侍郎兼东阁大学士，入阁办事。不久，申时行进为礼部尚书兼文渊阁大学士。
当时，张居正去后，内阁中还剩下吕调阳、张四维两位阁臣。马自强、申时行入阁，阁臣增为4人。吕调阳年迈多病，很少到内阁办公。在内阁办公的仅张四维、马自强、申时行3人。神宗皇帝有令，国家大事驰告张居正，叫他裁决；小事由张四维全权处理。申时行在内阁大臣中排名最后，仅充位而已。
也就是说，申时行很得张居正的器重。而且在历史上张四维接替张居正内阁首辅一位之后一年便因为父丧离职了。吕调阳马自强也很快病逝。申时行无疑是最合适的人选。
况且以他和张居正的关系，继续张居正的改革应该不难。
朱翊钧左思右想最终下定了决心，道，“好，那就他吧。下去传朕的旨意吧。”
“是。陛下。”魏忠贤应了句，便下去传旨了。
朱翊钧坐在了龙椅上，才有一种真正意义上指点江山，激扬文字的感觉。此后大明帝国所有的重任便都落在了自己身上。